La verrière dans la petite rue adjacente devrait être enlevée au profit d'une dalle percée à plusieurs endroits pour conserver une vue sur ces ruines tout en favorisant le cheminement. Quant à l'accès à ce musée, il devrait se faire par les sous-sols de la Bourse. Sauf que ces aménagements entraîneraient la démolition de certaines parties des vestiges.
Pour accéder à ces vestiges via les sous-sols de la Bourse, certains murs qui datent du treizième siècle doivent être partiellement démolis. " De la manière dont les dossiers étaient présentés, on pouvait penser que ça n’entraînait aucune destruction dans les vestiges " explique Isabelle Pauthier, directrice de l'Arau, l'Atelier de Recherche et d'Action Urbaines. " En réalité, le projet propose de percer de grandes brèches, des passages. Et ça, c’est légalement inadmissible. En fait, le projet, au contraire de valoriser, porte atteinte à l’intégrité du site ". C'est ce qu'indique aussi un rapport de la Société Royale d'Archéologie de Bruxelles. Un rapport très défavorable à l'approche de la Ville publié en 2014 et qui, selon l'Arau, n’a été mentionné dans aucun des dossiers à l’enquête publique et n’a reçu aucune publicité.